В фазу цветения амброзия выделяет большое количество сапонина, вызывающего аллергию у многих людей. В пыльце содержатся особые белки – антигены Е и К, которые проникают через слизистую оболочку верхних дыхательных путей человека. При попадании пыльцевого зерна на слизистую оболочку оно лопается, и белки поступают в кровь и лимфу. В результате развивается насморк, слезотечение, одышка, ощущается головная боль, повышается температура, проявляются приступы бронхиальной астмы, и теряется работоспособность. Амброзия выделяет эфирные масла, вызывающие сильнейшую головную боль. Аллергены содержатся также в семенах и листьях амброзии. Они могут вызывать у людей дерматиты. Поэтому все виды амброзии с полным правом можно назвать экологическими сорняками. При поедании коровами зеленого корма, содержащего амброзию полыннолистную, вкус молока становится горьким.